文章目录

1 材料与方法

1.1 试验设计及样品采集

1.2 样品DNA提取和PCR扩增

1.3 Illumina MiSeq测序

1.4 数据统计分析

2 结果与分析

2.1 样品测序深度和操作分类单元(OTU)数量分析

2.2 样品稀释曲线和Alpha多样性分析

2.3 同水平物种组成

    2.3.1 门水平

    2.3.2 属水平

2.4 物种差异性分析

2.5 物种相关性网络分析

3 讨论

4 结论

文章摘要:本研究旨在利用16S rRNA高通量测序技术分析细绒型和粗绒型陕北白绒山羊母羊瘤胃细菌结构与组成，为细绒型陕北白绒山羊的饲养提供理论基础。选择相同饲喂条件下6只细绒型和7只粗绒型陕北白绒山羊2岁母羊，采集瘤胃液并提取总DNA，经过PCR扩增后对16S rDNA的V3～V4区进行高通量测序分析。结果表明:1) 2组间Faith’s PD指数、Chao1指数、Shannon指数和Observed＿OTU指数差异均不显著（P>0.05），且均有细绒组低于粗绒组的趋势。2)门水平上，2组绒山羊瘤胃优势菌门均为厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes），次级优势菌门依次为TM7、放线菌门（Actinobacteria）、蓝藻细菌门（Cyanobacteria）、变形菌门（Proteobacteria）、互氧菌门（Synergistetes）、螺旋体门（Spirochaetes）、软壁菌门（Tenericutes）和疣微菌门（Verrucomicrobia）;属水平上，2组绒山羊瘤胃的优势菌属均为瘤胃球菌属（Ruminococcus）、普雷沃氏菌属（Prevotella）、拟杆菌目未明确分类属（Unspecified＿Bacteroidales）和疣微菌科未明确分类属（Unspecified＿Ruminococcaceae）。3)门水平上相对丰度前10位的优势菌门中，除了细绒组Proteobacteria的相对丰度显著低于粗绒组（P<0.05）和TM7的相对丰度显著高于粗绒组（P<0.05）外，其余菌门的相对丰度2组之间均差异不显著（P>0.05）;次级优势菌门中，细绒组迷踪菌门（Elusimicrobia）、黏胶球形菌门（Lentisphaerae）和Verrucomicrobia的相对丰度均显著低于粗绒组（P<0.05），而细绒组WPS＿2的相对丰度显著高于粗绒组（P<0.05）。4)相对丰度大于10%的优势菌属中，除了细绒组Prevotella的相对丰度极显著高于粗绒组（P<0.01）以外，其他优势菌属的相对丰度2组之间均差异不显著（P>0.05）;相对丰度低于10%的次要优势菌属中，细绒组解琥珀酸菌属（Succiniclasticum）、颤螺旋菌属（Oscillospira）、Dehalobacterium、Blautia、梭菌属（Clostridium）和欧文氏菌属（Erwinia）的相对丰度均显著低于粗绒组（P<0.05）。5)物种相关性网络分析结果显示，2组绒山羊瘤胃菌群之间的相关性和紧密性呈现出细绒组强于粗绒组。综上所述，细绒型绒山羊瘤胃菌群数量和菌属相对丰度低于粗绒型绒山羊，且存在一些特征菌属，细绒型绒山羊瘤胃菌群间互作关系和结构紧密性高于粗绒型绒山羊，提示绒山羊瘤胃菌群互作和结构稳定性可能对产绒性能产生影响。

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